O principal uso do sangue oculto fecal é para triagem de câncer de cólon. Sangue nas fezes pode ser o único sinal de câncer inicial e sua detecção precoce aumenta a probabilidade de cura. A presença de sangue oculto pode ser devida a outras doenças, e são necessários outros procedimentos para descobrir a causa do sangramento.
Sangue oculto fecal também é usado para pesquisar uma causa de anemia, como sangramento de úlcera. O médico pode pedir o exame se o paciente apresenta sinais e sintomas de anemia, como fadiga e queda da hemoglobina e do hematócrito.